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BOM追加

% nkf --overwrite --oc=UTF-8-BOM filename 

BOMつける場合は大抵Windows向けなので勝手に改行コードがCRLFになります。改行コードの指定を明示するなら-Lw オプション追加
BOM削除

% nkf --overwrite --oc=UTF-8 filename 

改行コードは維持されるので、CRを削除したい場合には-Lu オプション追加